La chiesa ha un pianta a croce latina a tre navate, separate da archi a tutto sesto, sormontati da architravi e sorretti da pilastri con lesene addossate; la navata centrale ha una copertura con colta a botte, intervallata da vele cuspidate in cui sono ricavate le finestre che illuminano l’interno; le navate laterali, invece, sono suddivise in quattro campate per lato con copertura a vele.

All’incrocio tra la navata centrale ed il transetto si eleva la cupola mascherata all’esterno dal tiburio; alle spalle del presbiterio una scala interna consente l’accesso ad una piccola cripta con volta a botte, oggi adibita ad incontri di preghiera.

La profonda abside racchiude il monumentale altare piramidale, rivestito con lastre di marmo policromo e sormontato da un frontone triangolare spezzato; in una cornice dorata è inserita la miracolosa tavola d’ardesia con l’immagine della Madonna col Bambino di autore ignoto, ritrovata nel 1615 e riferibile per i suoi tratti al XVII secolo.

All’incrocio tra la navata centrale ed il transetto si innalza la cupola sostenuta dai pennacchi su cui sono affrescati gli evangelisti, restaurati dal pittore Giovanni Puccia; sulla calotta, all’interno di cornici ottagonali, Mosè, Davide, Salomone e Costantino incombono sul presbiterio con il loro aspetto severo.

Gli affreschi classicheggianti della volta furono realizzati dal pittore chiaramontano Giuseppe Cutella nella seconda metà del XVIII secolo; vennero restaurati alla fine del 1800 dal modicano Bartolo Sisino; subirono gravi danni nel 1960 in seguito ai lavori di riparazione effettuati sul soffitto e furono rifatti nel 1966 dal pittore Valente Assenza, che riprodusse gli stessi soggetti su tela.

L’iconografia delle tele riconduce a tre figure femminili dell’Antico Testamento che preannunciano le virtù di Maria e pongono in risalto lo spirito di sacrificio ed il ruolo fondamentale delle donne nella storia: Ester e Assuero, Giuditta e Oloferne, Giaele e Sisara.